北京市眼科研究所成立于1959年，是我国第一所临床与基础理论研究相结合的眼科专业研究所，经过57年的发展，已成为集科研、教学、临床、成果转化、防盲公益于一体，在国内外颇具影响的眼科研究单位。 眼科研究所有辉煌的历史。1956年，北京生物制品研究所汤飞凡教授与北京市眼科研究所张晓楼教授合作，在国际上首次成功分离出沙眼衣原体，解决了世界眼科界长期未能确定的沙眼病原问题，成为1957年度世界科学十大贡献之一。其后，张晓楼教授领导的全国性沙眼调查及沙眼防治工作取得突出成绩，汤飞凡与张晓楼教授因而被世界沙眼防治组织授予"国际沙眼金质奖章"。 多年来，北京市眼科研究所在角膜病、青光眼、白内障、眼底病、眼肿瘤、眼遗传等诸多领域颇有建树，多次获国家、卫生部、北京市科技进步奖及国家发明专利。眼科研究所设有博士后流动站、博士及硕士研究生教学点，现任的博士生导师6人，硕士生导师5人。先后培养博士后十余人，博士、硕士研究生百余人。自1988年起，研究所被确定为世界卫生组织在我国的防盲合作中心，是全国防盲技术指导组组长单位，全国及北京市防盲指导组办公室也设在研究所。研究所负责编辑出版《国外医学眼科学分册》、《眼科》两本国家级专业眼科杂志，《眼科》杂志为中国科技核心期刊，中国科技论文统计源期刊。 研究所设基础部、应用基础部、转化医学部和行政部，共10个科室和一个工程中心，即眼微生物室、眼病理、眼生理、眼药理、眼遗传室、眼干细胞室、防盲办公室、情报室、研发室、行政办公室，国家眼科诊断与治疗工程技术研究中心。拥有眼科学国家教育部重点学科、卫生部临床重点专科、国家眼科诊断与治疗设备工程技术研究中心、眼科学与视觉科学北京市重点实验室，各实验室面向社会开放使用。 研究所现有职工75人，正高职称12人，副高职称14人，中级职称27人，41人具有博士学位，拥有国际眼科学院院士1名，北京学者1名，也是中华医学会眼科分会前任主任委员、北京眼科学会主任委员、国际防盲协会中国委员会主席、亚太眼科学会常务理事、亚非眼科学会理事、国际眼科理事会常务委员、世界青光眼联合会常务理事所在单位。 2001年、2006年、2011年在徐亮、Jonas教授指导下，开展的"北京眼病研究"研究工作，对青光眼、白内障、老年性黄斑变性等多种致盲眼病进行了流行病学研究，在国内类似研究中走在最前沿，发表国外SCI论文百余篇，2005年，研究所被北京市科委立项为北京市卫生系统四家科研单位改革试点之一。2006年，研究所将建设中国创新型防盲体系作为发展目标，积极探索新型医疗、防盲模式，设有数字眼科区域协同示范平台,是卫生部数字化示范医院、远程眼科影像会诊中心，承担着国家科学数据共享工程任务，为实现专家资源、设备资源、服务管理资源共享，降低成本，真正解决老百姓看病难、看病贵不懈努力。 2013年以来，眼科研究所按照传承创新的思路，开创新的发展空间：在保持眼科病理、眼科微生物 、眼科生理的传统优势学科基础上，建立眼科临床科研平台、前沿生物技术转化平台及数字医疗及远程会诊等创新平台。建立以临床问题为导向、科技引领为驱动的学科发展模式。大力推动发展基础研究，设立科研基金，鼓励进行基础科学研究。设立转化医学部，推动科研成果向临床应用转化。王宁利教授课题组于2013年和2014年两次荣获国家科技进步二等奖。